معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه در راستای تحقق اهداف اسناد بالادستی به‌ویژه عملیاتی‌سازی راهبردهای مطرح شده در "سند دانشگاه اسلامی" و "بیانیه گام دوم انقلاب اسلامی در حوزه علم و فناوری" همچنین اجرایی‌سازی اهداف و سیاست‌های حوزه آموزشی با عنوان"دانشگاه جامعه محور و تمدن ساز" و حرکت در مسیر ماموریت‌ها و خط مشی دانشگاه با "رویکرد حکمت محور، تحول گرا و دانش بنیان"، وظیفة برنامه‌ریزی، اداره و نظارت بر فعالیت‌های آموزشی دانشکده‌ها و گروه‌های آموزشی، اعضای هیأت ‌علمی و دانشجویان در کلیه مقاطع تحصیلی را با هدف تسهیل و روان سازی امور آنان بر عهده دارد.
اهم فعالیت‌های این معاونت: توسعه، برنامه‌ریزی و عملیاتی نمودن ارتقای کمی و کیفی فعالیت‌های آموزشی و کمک آموزشی؛ اجرای صحیح مقررات و ضوابط آموزشی؛ راه اندازی رشته‌های جدید و بین‌رشته‌ای متناسب با نیازهای صنعت و جامعه؛ ارزیابی و بازنگری برنامه‌های درسی و رشته‌های موجود با هدف توانمندسازی دانشجویان برای احراز شغل مناسب؛ تنظیم و اجرای طرح ساختار و سطح بندی دانشکده‌ها وگروه‌های آموزشی؛ تعیین ظرفیت پذیرش دانشجو و تعلیق و توقف پذیرش دانشجو در دوره‌های غیرکاربردی؛ تدوین و اجرای برنامه پنج ساله آموزشی گروه‌های آموزشی؛ مطالعه و مهندسی مجدد فرایندهای آموزشی و اجرایی به منظور اصلاح، افزایش بهره‌وری، کارآمدی فعالیت‌ها و تامین رضایت مراجعان و تکریم آنها همچنین ایجاد قابلیت‌های جدید در سیستم‌های آموزشی و حذف مکاتبات فیزیکی، کاهش هزینه‌ها و سرعت بخشیدن به فرایندهای آموزشی دانشگاه؛ ارتقای کمی و کیفی فعالیت‌های آموزشی بین‌المللی شامل جذب دانشمندان غیرمقیم، اساتید وابسته ملی و بین‌المللی، دانشجویان غیر‌ایرانی و برگزاری دوره‌های مشترک با دانشگاه‌های خارجی؛ کمک به پرورش استعدادهای درخشان و حمایت از جذب و حفظ داوطلبان مستعد و ارائه تسهیلات به آنان؛ ایجاد بستر مناسب برای توانمندسازی دانشجویان و دانش‌آموختگان در قالب برگزاری کارگاه‌های آموزشی؛ ارتقای نرم افزاری و سخت افزاری سامانه آموزش‌های الکترونیکی دانشگاه(LMS)، برگزاری کارگاه‌های روش تدریس نوین برای استادان در دانشگاه، استمرار و تقویت نظارت و ارزیابی بر فعالیت‌های موسسات تابعه و ... است.
در حال حاضر 650 نفر عضو هیات علمی، حدود 120000 نفر دانش‌آموخته و 18000 نفر دانشجوی جاری در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در قالب 14 دانشکده، 55 گروه آموزشی و 400 رشته تحصیلی، در دانشگاه اصفهان مشغول به فعالیت می‌باشند.
بر اساس مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر الحاق دانشکده ریاضی و کامپیوتر خوانسار و مرکز آموزش عالی شهرضا به دانشگاه اصفهان، در حال حاضر این دو پردیس دارای 7 گروه آموزشی، 37 نفر عضو هیات علمی، 1600 نفر دانشجو و 13 رشته تحصیلی می‌باشند.